Яндекс Метрика
На сайт можно установить два счетчика Яндекс Метрики. В таком случае, подключить Вебвизор можно только к одному счетчику. В Яндекс Справке представлен код для добавления двух счетчиков на сайт.
Google Analytics
Также на сайт можно установить два счетчика Google Analytics. Согласно справке Google Analytics, в таком случае, рекомендуется ставить несколько кодов отслеживания Universal Analytics (analytics.js), а не коды Analytics (ga.js). Потому что несколько кодов ga.js на сайте могут привести к неправильному сбору данных и ошибках в отчетах. Нужно придерживаться одной версии Analytics на всех страницах сайта.
Вывод
Да, на сайт можно установить два счетчика Яндекс Метрики или Google Analytics, но мы не рекомендуем этого делать, чтобы не нагружать сайт лишними скриптами.